We don't have any more pens, can we substitute pencils.

已经不再有钢笔了，可用铅笔来代替吗？

substitute表示以...代替。注意上句中substitute后的pencils不是被替换的，而是用来替换pens的。如果要明确表明用...替换...可加介词for。 substitute A for B就是用A来替换B。

We substituted pencils for pens.
我们用铅笔来代替钢笔。
We substituted honey for sugar.
我们用蜂蜜来代替糖。